viernes, 31 de octubre de 2008

Linux el mejor aliado de los BioInformáticos



Desde la concepción de GNU Linux, el mundo de la informática ya no fue el mismo.. ha madurado mucho desde aquellos dias cuando se lo descargaba en varios diskettes de 3"1/4 y era toda una proesa el instalarlo en un pc, ahora tenemos entornos de escritorio muy amigables y orientados al usuario final como por ejemplo Ubuntu, sin embargo la mayor potencia radica en la consola de comandos (shell), la misma que permite gestionar archivos y servidores remotamente y sin lugar a dudas es una de las herramientas más importantes para los BioInformáticos.

Como sabemos para los procesos de análisis y secuenciación necesitamos equipos con grandes prestaciones en cuanto a potencia de cálculo y memoria, nuevamente en este aspecto Linux viene al rescate, según el Top500 de supercomputadoras 427 clusters de los 500 usan el sistema operativo del pinguino que viene a ser el 85.4%, nada mal para un sistema de libre distribución.
Estadisticas tomadas del site TOP500
Por si esto fuera poco el superordenador RoadRunner (Correcaminos) que usa la distribución de Red Hat como sistema operativo, desarrollado por el departamento de defensa de los Estados Unidos conjuntamente con IBM ha superado la barrera de 1 Petaflop. Para tener una idea de lo que esto representa si cada uno de los 6.000 millones de habitantes del planeta usaran un ordenador personal y trabajaran 24 horas por día, se tardarían 46 años en lograr lo que la Roadrunner consigue en un solo día. Bueno aunque no se disponga de $133 millones como presupuesto (el coste del RoadRunner) podemos implementar nuestro propio cluster en casa o en el laboratorio con OpenMosix (Ya publicaremos un manual de como hacerlo..)

Tan amplia es la filosofía de Linux que ha evoluvionado en distribuciones como Biolinux que ofrecen una alta gama de harremientas indispensables para los BioInformaticos, espero que esta información sea de valides para tod quienes tratamos de establecer un vinculo entre la biología y las ciencias computacionales.

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