Bioinformática Ecuador

¿Ser Biologo o Informático?

2008-11-04T17:33:00.000-08:00

Navegando por el Internet en mi incansable búsqueda de información, me di cuenta que se habla mucho de lo que es la BioInformática, pero muy poco del perfil deseado para una persona que se dedique a esta ciencia. ¿Ser Biologo o Informático? he ahí el dilema.

Si estudias Biología, tendras de tu parte todo el conocimiento necesario para entender las premisas y postulados científicos, para comprender el gran lenguaje de los terminos genéticos. Sin embargo será muy dificil desde ese punto de vista tratar con complicados comandos y lenguajes de programación que si dominan los informáticos. De igual manera para quienes estudian Ciencias de la Computación no será una tarea fácil el darse cuenta que información analizar y por que hacerlo.

Es aquí donde las Universidades, Instituciones de Investigación y Empresas privadas deben ahondar esfuerzos, en crear una carrera que sea una mezcla de las dos ramas, que permita tener un dominio suficiente tanto desde el punto de vista de las Ciencias Biológicas como de las Ciencias Computacionales, quiza esta propuesta tan solo sea un idiolio de este humilde investigador, pero no hay peor lucha que la que no se inicia.

Continuando con el tema central de este artículo, creo que estas son las destrezas que toda persona que se adentre en este mundo de la BioInformática debe adquirir (esto en rasgos generales):

Bases solidas de Biología Molecular y Genética.
Conocimiento de Lenguajes de Programación y Algoritmos de programación paralela.
Gestión de Bases de Datos Biológicas.
Manejo básico de ambientes de trabajo UNIX o Linux.
Implemetación y gestión de Clusters de alto rendimiento.

Sería interesante si alguien ha realizado un estudio minusioso al respecto, a fin de publicar un artículo más profundo sobre el perfil del BioInformático, ya que muchas personas que intentan adentrarse en el tema no tienen claro cual es su rol en el mundo de la investigación. Yo mismo me encontre con el problema de no tener claro que habilidades y destrezas son necesarias.

Linux el mejor aliado de los BioInformáticos

2008-10-31T22:20:00.000-07:00

Desde la concepción de GNU Linux, el mundo de la informática ya no fue el mismo.. ha madurado mucho desde aquellos dias cuando se lo descargaba en varios diskettes de 3"1/4 y era toda una proesa el instalarlo en un pc, ahora tenemos entornos de escritorio muy amigables y orientados al usuario final como por ejemplo Ubuntu, sin embargo la mayor potencia radica en la consola de comandos (shell), la misma que permite gestionar archivos y servidores remotamente y sin lugar a dudas es una de las herramientas más importantes para los BioInformáticos.

Como sabemos para los procesos de análisis y secuenciación necesitamos equipos con grandes prestaciones en cuanto a potencia de cálculo y memoria, nuevamente en este aspecto Linux viene al rescate, según el Top500 de supercomputadoras 427 clusters de los 500 usan el sistema operativo del pinguino que viene a ser el 85.4%, nada mal para un sistema de libre distribución.

Por si esto fuera poco el superordenador RoadRunner (Correcaminos) que usa la distribución de Red Hat como sistema operativo, desarrollado por el departamento de defensa de los Estados Unidos conjuntamente con IBM ha superado la barrera de 1 Petaflop. Para tener una idea de lo que esto representa si cada uno de los 6.000 millones de habitantes del planeta usaran un ordenador personal y trabajaran 24 horas por día, se tardarían 46 años en lograr lo que la Roadrunner consigue en un solo día. Bueno aunque no se disponga de $133 millones como presupuesto (el coste del RoadRunner) podemos implementar nuestro propio cluster en casa o en el laboratorio con OpenMosix (Ya publicaremos un manual de como hacerlo..)

Tan amplia es la filosofía de Linux que ha evoluvionado en distribuciones como Biolinux que ofrecen una alta gama de harremientas indispensables para los BioInformaticos, espero que esta información sea de valides para tod quienes tratamos de establecer un vinculo entre la biología y las ciencias computacionales.

Por qué BioInformática?

2008-10-30T20:19:00.000-07:00

Quisiera empezar este Blog citando un artículo que desperto mi interes por esta ciencia ( "La bioinfórmatica, una ciencia de riesgo"), donde se describe de una manera algo cómica el duro trajinar de un BioInformático. Creo que de no haber leido esta publicación aun estaría centrado en la programación de sistemas de gestión, o quizá rompiendome la cabeza en busca de una nueva solución para alguna empresa comercial.. o peor aún tratando de inventar el agua tibia (Aquellos días de listillo programador).. pero para suerte mía mientras divagaba por el cyberespacio buscando el Santo Grial del Internet llegue hasta el Blog de Ra y Mon.. Ese fue un punto de quiebre en mi vida.. como iluminación divina la filosofía y la discordancia se encontraron en algun punto de mi mente.. Por qué ser un común denomindador (quería decir programador), cuando podía estar en la punta de lanza del mundo científico? Miles de secuencias del genoma --AGGTCTTCCGGATTCTCTAAGG--- llenaron mis pensamientos y en cuestion de segundos ...muy tarde para reaccionar... supe que mi destino estaba ligado a la genética (posiblemente en mis vidas anteriores tenia complejo de Biólogo). Eso ya más de un año, el camino está muy dificil para quienes queremos trabajar en esta área, sobre todo en Ecuador donda casi nada se sabe del asunto... apenas unos murmullos salen de entidades como la ESPOL y la Universidad San Francisco de Quito.

Mi formación técnica en Sistemas Informáticos me ha quedado corta para tratar de asimilar todos los conocimientos necesarios de un BioInformático por lo que ahora estoy tomando clases de Biología y Genética.. sin embargo he realizado muchos avances investigando y manipulando herramientas que permiten realizar analisis de información biológica y genética (pronto publicaré entradas puntuales sobre este tema).

Lamentablemente no he podido contactar con más personas del país cuya afición sea la BioInformática, para quienes esten interesados sería genial formar un grupo de BioInformática a fin de apoyarnos mutuamente.

Pronto publicaré manuales sobre Perl aplicado a la BioInformática, cualquier recomendación o comentario sobre que manuales o topicos publicar en este Blog será bienvenido.